تنقسم المدرسة إلى قسمين رئيسين ، هما :

    1ـ القســم التعـليــمي :
ويتكوّن من سبعة مراحل دراسية تشارف المرحلة الأخيرة منها على إنهاء السطوح العالية والولوج في دروس البحث الخارج ، ويقوم بالتدريس في هذا القسم عشرون أستاذا من أفاضل أساتذة الحوزة العلميّة.

وتيمناً بالأسماء والألقاب المباركة لأئِمَة الهدى (عليهم السلام) فقد اختارت كل مرحلة اسما لها من تلك الأسماء المباركة وفقاً لرغبة اللجنة المشرفة فكانت أسماء الدورات الفعليّة الموجودة كما يلي :

1- دورة الإمام الكاظم (عليه السلام)

2- دورة الإمام الباقر(عليه السلام)

3- دورة الإمام الحسن المجتبى(عليه السلام)

4- دورة الإمام صاحب الزمان (عليه السلام)

5- دورة الإمام أمير المؤمنين(عليه السلام)

6- دورة الإمام الصادق (عليه السلام)

7- دورة الإمام الحسن العسكري(عليه السلام)

   ويتراوح عدد طلبة كلّ من هذه المراحل بين ( 8 ــ 12) طالباً يدرسون يومياً أربعة دروس خلال السنوات الأربعة الأولى ثمَّ تخفَّض بعد ذلك إلى ثلاثة دروس يوميّاً تماشياً مع السُلمّ التصاعدي للمواد الدراسية .

واما بالنسبة للمنهج الدراسي المعتمد في المدرسة فهو عبارة عن المنهج المتعارف في الحوزة العلميّة المباركة مع بعض الإضافات التي امتازت بها المدرسة ويمكن تلخيص ملامح هذا المنهج بالنقاط التالية :

1- المنهج القراني : ويدرس الطالب فيه كتاب علوم القران لسماحة السيد محمد باقر الحكيم (حفظه الله )

2- المنهج العقائدي : ويدرس الطالب في العقائد كلاّ من الكتب التالية :-

أ‌- عقائد الإمامية للشيخ محمد رضا المظفر (رحمه الله) .

ب - دروس في العقيدة الإسلامية بأجزائه الثلاثة لسماحة الشيخ محمد تقي مصباح اليزدي (حفظه الله ).

جـ - كتاب مختصر الإلهيّات لسماحة الشيخ جعفر السبحاني (حفظه الله ) أو كتاب بداية المعارف الإلهيّة لسماحة السيد محسن الخرازي (حفظه الله ).

3- المنهج الفقهي : ويدرس الطالب فيه:

أ - المسائل المنتخبة لآية الله العظمى السيد الخوئي (قدس سره)0

ب - منهاج الصالحين لآية الله العظمى السيد الخوئي (قدس سره) 0

جـ - كتاب شرح اللمعة الدمشقيّة للشهيـد الثاني (رحمه الله)0

د - كتاب المكاسب للشيخ الأنصاري (قدس سره) بأجزائه الثلاثة 0

4- المنهج الأصولي :

أ- الحلقات الثلاثة للشهيد السيد محمد باقر الصدر (قدس سره).

ب - كتاب كفاية الأصول للآخوند الخراساني (قدس سره).

5- المنهج الأخلاقي :

تقوم المدرسة وبناءاً على توجيه مبارك من قبل أحد المراجع العظام باختيار حديث من أحاديث أهل البيت (عليهم السلام) بصورة يوميّة ، فيكتب ويوضع في غرف الدروس كافّة ، ويكلّف أحد أساتذة كل مرحلة ببيان مجمل لأهمّ ما يحويه الحديث من تعاليم ومفاهيم وقيم أخلاقية وتربوية تنفع الطالب في مجالات حياته .

6- منهج المنطق والفلسفة :

أ ـ كتاب المنطق بأجزائه الثلاثة للشيخ محمد رضا المظفر (رحمه الله) .

ب ـ كتاب بداية الحكمة للعلامة الطباطبائي (رحمه الله)، أو كتاب المنهج الجديد في تعليم الفلسفة للشيخ مصباح اليزدي (حفظه الله ) .

7- منهج اللغة العربية:

أ ـ كتاب قطر الندى في النحو لمؤلفه ابن هشام الأنصاري .

ب ـ مغني اللبيب لابن هشام الأنصاري أيضا.

ولإتمام الاستفادة من الدروس قامت المدرسة بإنشاء مكتبة صوتية للاحتفاظ بالمحاضرات وإعارتها للطلبة للانتفاع بها في مراجعة دروسهم وتلافي ما فاتهم من الدروس اضافة للمكتبة العامة التي يستفيد من كتبها المتنوعة للمطالعة والبحث .